Флората на Шар Планина е исклучително богата и според моменталните податоци таа брои над 2000 видови вацкуларни растенија што е повеќе од половината на цела Македонија.
Шар Планина е еден од најзначајните балкански и европски центри на високопланинскиот ендемизам во кој се вбројуваат реликтни, ендемореликтни и ендемични видови. На Шар Планина се среќаваат околу 200 ендемични и субендемични растителни таксони (видови, подвидови и вариетети). Стеноендемични орофити (планински видови). Овие видови имаат терциерна, поретко глацијална старост. Ваквите видови заслужуваат посебна заштита: Silene schmuckeri, Dianthus scardicus, Bornmullera dieckii (не се среќава на македонска територија), Draba korabensis, Sedum flexuosum, Potentilla doerfleri, Crocus scardicus и Oxytropis korabensis.
Терциерни орофити (планински видови со терциерна старост). Тоа се најчесто стеноендемични или субендемични видови: Pinus peuce, Pinus heldreichii, Silene waldsteinii, Silene lerchenfeldiana, Silene asterias, Ptilotrichum rupestre, Shievereckia doerfleri, Iberis sempervirens, Hesperis dinarica, Saxifraga glabella, Potentilla montenegrina, Anthyllis aurea, Acer heldreichii, Rhamnus pumila, Viola grisebachiana, Heacleum orphanidis, Soldanella dimoniei, Veronica satureioides, Tozzia alpia, Ramonda serbica и R. nathaliae, Narthecium scardicum, Lilium albanicum, Gymnadenia friwaldskyana, Rhododendron ferrugineum и Linaria alpina.
Глацијални видови со аркто-алпско распространување (видови од леденото доба). Тоа се многу ретки видови на Балканскиот Полустров: Selaginella selaginoides, Diphasium alpinium, Cryptogramma crispa, Salix herbacea, Salix reticulata, Rumex nivalis, Silene ruperstris, Rhodiola rosea, Saxifraga bryoides, Saxifraga androsacea, Geum reptans, Epilobium anagallidifolium, Loiseleuria procumbens, Veronica alpina, Veronica aphylla, Pedicularis oederi, Erigeron uniflorus, Saussurea alpina, Carex foetida.
Acer heldreichii / Linaria alpina / Narthecium scardicum Potentilla doerfleri / Rhododendron ferugineum / Veronica aphyla